Mit der Annexion Österreichs an das Deutsche Reich 1938 wurde das private Vereinsrealgymnasium verstaatlicht und hieß – entsprechend der im Deutschen Reich eingeführten Schultypenbezeichnungen – „Oberschule für Jungen“ (1938 – 1945). Ab dem Schuljahr 1938/39 waren keine jüdischen Schüler mehr zugelassen. (ÖAW)
Während des zweiten Weltkrieges wurde das Gebäude durch einen Bombentreffer in den in der Leitermayergasse stehenden Teil, in dem sich der Chemie- und Physiksaal befanden, beschädigt.